Carsten Schubert effectue des recherches dans le département Eaux de surface depuis 2001, qu'il dirige depuis 2012. Depuis 2004, il est également chargé de cours à l'EPF Zurich au département Sciences de l'environnement et des systèmes.

Schubert a commencé sa carrière académique à l'Institut Alfred Wegener, où, après des études de géologie à l'Université Justus Liebig de Giessen, il a obtenu son doctorat sur le cycle du carbone arctique. Après un stage postdoctoral à l'Université de la Colombie-Britannique à Vancouver, il a travaillé comme chef de groupe à l'Institut Max Planck de microbiologie marine à Brême avant de rejoindre l'Eawag en tant que chef de groupe du groupe de biogéochimie.

Il s'intéresse toujours à la géochimie organique et à la géochimie isotopique des lacs et des systèmes marins. Il se concentre actuellement sur la compréhension du cycle mondial du méthane. Il s'intéresse particulièrement à une question : Quelle matière organique est utilisée pour produire du méthane dans les lacs, terrestres ou aquatiques ? Avec des travaux de recherche sur les lacs suisses et finlandais, il veut se rapprocher de la réponse.