Pendant cinq ans, les scientifiques de l'Institut fédéral suisse des sciences et technologies de l'eau Eawag ont inventorié les poissons des cours d'eau suisses avec l'aide de gardes-pêche, de fermiers, de spécialistes de bureaux d'études et de bénévoles. Au total, 324 sites ont été pêchés à des altitudes allant de la plaine jusqu'à plus de 2200 mètres d'altitude. Plus de 20'000 poissons de plus de 50 espèces ont été capturés, 12'000 échantillons d'ADN et 5000 échantillons d'écailles ont été prélevés et stockés pour leur future analyse. Toutes les données collectées ont été enregistrées dans une base de données de référence en accès libre. Après le «Projet Lac» consacré aux étendues d'eau, le «Progetto Fiumi» a maintenant livré le premier inventaire recensant une grande partie de la biodiversité piscicole des cours d'eau suisses. Le rapport final paraît aujourd'hui en ligne (en allemand au format PDF avec des résumés détaillés en français, en italien et en anglais).

Une pêche à l'électricité dans le Glenner/Glogn. (Eawag)

La très grande majorité des cours d'eau étudiés n'abritaient que peu d'espèces: 158 sites n'en présentaient qu'une seule, à savoir généralement la truite atlantique Salmo trutta. Seuls 16 sites présentaient une grande richesse en espèces, soit 10 ou plus. Ces sites particuliers se situaient en général dans les grands cours d'eau du Plateau ou à proximité des lacs et c'est dans les grandes retenues fluviales que la plus grande diversité spécifique a été observée. Le responsable du projet, Jakob Brodersen, nuance cependant cette observation: «Cela ne veut pas dire que les habitats des retenues fluviales sont particulièrement précieux pour la biodiversité. Car les espèces qui s'y trouvent sont des espèces très fréquentes dans les lacs. Les espèces menacées, comme l'ombre commun ou le nase, qui nécessitent des habitats fluviaux à fort courant, y sont rares ou manquent totalement.» Il relève d'ailleurs que les grands cours d'eau de plaine ne sont pas uniquement affectés par des barrages mais sont de manière générale très artificialisés. Qui plus est, ils ont encore été très peu étudiés. «Nous devrions donc chercher un moyen de mieux protéger les derniers habitats encore assez naturels de ces espèces fortement menacées, commente le chercheur. Le changement climatique, avec des températures très élevées et des sécheresses prolongées comme en 2022, et la situation actuelle en matière de politique énergétique, nous rappellent l'urgence de cette démarche.»

Mais pourquoi tant d'efforts? Jakob Brodersen a une réponse claire: «Si la diversité de la nature n'est pas étudiée, comprise et enregistrée, nous ne pouvons pas la protéger. Les espèces ou la diversité locale peuvent disparaître sans que nous an ayons connaissance. Cela peut entraîner une perte de services écosystémiques et poser de graves problèmes, y-compris à nos sociétés.» Or il ne suffit pas pour cela de déterminer les espèces au bord de l'eau. Il faut aussi que des spécialistes de taxonomie caractérisent plus précisément les poissons sur le plan morphologique et génétique. C'est, selon Brodersen, le seul moyen de recenser correctement la biodiversité et de détecter les modifications de façon précoce.

Car, bien souvent, seul le complément d'information livré par les analyses génétiques permet de savoir comment, par le biais d'adaptations à différents habitats par exemple, une grande diversité s'est développée au sein même des différentes espèces. Pour illustrer ses propos, le chercheur cite le cas du ruisseau de la Bioleyre, dans le canton de Vaud. Les truites qui vivent dans le cours supérieur sont très différentes de celles qui vivent dans le cours inférieur. Dans la parie médiane, les deux types cohabitent sans toutefois se mélanger. Pour savoir si cela est dû à une spécialisation alimentaire ou à d'autres causes, d'autres études seront nécessaires.

Comme la liste rouge des poissons et cyclostomes récemment publiée, le Progetto Fiumi montre à quel point les espèces de truites recensées en Suisse sont sous pression. Seule la truite atlantique fait exception. Cette espèce, qui n'était à l'origine indigène que dans le système Aar/Rhin et dans le bassin lémanique, a été introduite dans beaucoup d'endroits et se rencontre aujourd'hui dans toute la Suisse. À l'opposé, la truite adriatique est menacée d'extinction.

Alors que les espèces de truites des cinq lignées évolutives étaient déjà connues, les scientifiques du Progetto Fiumi ont également découvert plus d'espèces que prévu dans d'autres genres, comme les chabots, les loches et les vairons. Leur classification exacte demandera cependant encore un peu de temps.

Brodersen J., Hellmann J., Seehausen O. (2023). Erhebung der Fischbiodiversität in Schweizer Fliessgewässern – Progetto Fiumi Schlussbericht; Hrsg. Eawag: Swiss Federal Institute of Aquatic Science and Technology. https://doi.org/10.55408/eawag:30020 (pdf, 356p; 126MB)

Télécharger uniquement le rapport sans les fiches d'information sur les sites pêchés (pdf, 48p; 16MB)

Article de fond "Progetto Fiumi" dans la revue Aqua&Gas n° 4/2023. (en ligne; en allemand et en PDF-file)

• Eawag, OFEV - voir dans le rapport p. 82/83 sur le financement et les remerciements