Après avoir étudié la physique des particules à l’Université de Zurich et suivi un cursus post-grade sur le «génie civil des eaux urbaines et la protection des eaux» à l’Eawag, Johny Wüest a soutenu sa thèse en 1987 dans le groupe du Prof. D. M. Imboden à l’EPF/Eawag. Après avoir travaillé comme postdoc aux États-Unis, il a rejoint en tant que chef de groupe le département Physique de l’environnement en 2000 et, plus tard, en 2006 les départements Écologie aquatique appliquée et Eaux de surface qu’il a dirigés pendant six ans. Depuis 2002, il est professeur titulaire au département de physique aquatique à l’EPF Zurich. En 2012, Johny Wüest est devenu Professeur ordinaire de physique des systèmes aquatiques (chaire de Margaretha-Kamprad) et, depuis 2013, il dirige le centre de limnologie à l’EPF Lausanne.

De 2002 à 2006, Johny Wüest a dirigé le groupe d’experts interdisciplinaire du lac de Brienz. Actuellement, de nombreux thèmes en rapport avec l’énergie figurent tout en haut de sa liste de projets, et notamment des questions sur les effets écologiques des centrales de pompage/turbinage ou la modélisation des exploitations de la chaleur des lacs à grande échelle. Au Centre de compétence Environnement et durabilité du domaine des EPF (CCES), il a présidé à des études sur une gestion des eaux intégrale dans le bassin du Zambèze.

En tant que membre de la direction, Johny Wüest défend les intérêts de l‘Eawag Kastanienbaum et du domaine de recherche «physique interdisciplinaire de l’environnement». Il soutient ainsi les efforts déployés par l’Eawag pour donner plus de poids à la recherche sur l’énergie et les bonnes pratiques environnementales. Grâce à sa chaire à Lausanne, il crée aussi une passerelle pour l’Eawag en Suisse romande et pour des projets au lac Léman.