Sa thèse d'habilitation « Collaboration among political actors, institutions, and outputs » se compose de cinq articles et analyse quels facteurs influencent la collaboration entre les différents types d'acteurs politiques dans différents contextes, comment des institutions telles que les forums politiques peuvent favoriser la collaboration et la production d’extrants, et comment des structures de coalition entre les acteurs ont une influence sur les extrants. La présentation orale de Manuel portait sur la question des « perceptions (erronées) des acteurs politiques ». Elle suggérait que les perceptions différentes de la réalité par ces acteurs ne sont pas seulement du bruit dans les données, mais une question d’une importance substantielle qu’il s’agit de comprendre. Sur la base de théories socio-psychologiques, différents facteurs influent sur la manière dont les acteurs peuvent avoir une perception (erronée) d’un processus politique ou de leurs adversaires.

À l’Eawag, Manuel est chercheur « tenure track » et dirige le groupe PEGO « Policy Analysis and Environmental Governance » (Analyse des Politiques Publiques et Gouvernance de l’Environnement) au sein du Département Sciences sociales de l’environnement. Ses recherches portent sur l’analyse des modalités de gouvernance, des processus décisionnels et des réseaux politiques, avec une focalisation sur les problématiques de l’eau et de l’environnement.