Département Ecologie et évolution des poissons

Le système d'aquarium d'eau froide comprend 122 aquariums d'un volume total de 33’000 litres.

Plus de la moitié de ces réservoirs sont alimentés en permanence par de l'eau douce pompée dans le lac des Quatre-Cantons. Pour les autres aquariums, l’eau est filtrée par des « Mattenfilter » pneumatiques connectés au système d'air comprimé interne.

La taille des aquariums va de 150 litres pour les plus petits, jusqu’à 2’250 litres pour les plus grands. De plus, un certain nombre d'aquariums plus petits sont disponibles pour des utilisations ponctuelles si nécessaire.

Le système d'aquarium d'eau chaude se compose de 385 aquariums répartis dans trois pièces, pour un volume total de 41’000 litres.

La pièce principale contient 345 aquariums – soit un volume de 31’000 litres – reliés à une unité de filtration indépendante comprenant un réservoir de sédimentation, un filtre à sable, un filtre biologique ainsi qu’un système UV-C pour un nettoyage optimal de l'eau.

Les aquariums dans les deux autres pièces sont filtrés par des « Mattenfilter » pneumatiques reliés au système d'air comprimé interne.

Les aquariums d’eau chaude vont des petits aquariums d'élevage de 20 litres aux aquariums expérimentaux d’une longueur de six mètres. Il y a également un réservoir circulaire pour effectuer des expériences comportementales..

Les deux mésocosmes ont une longueur de 10 et 15 mètres, une largeur de trois mètres chacun, ainsi que des hauteurs respectives de 105 et 140 centimètres. Leur volume total est de 94’000 litres et ils sont alimentés en permanence par de l’eau fraiche pompée dans le lac des Quatre-Cantons.

Ils possèdent une face vitrée, et sont tous deux divisibles par des cloisons latérales et transversales.

Notre installation ultramoderne offre une infrastructure pour des travaux de recherche polyvalents dans les domaines de la génétique moléculaire des populations.

Nous sommes partenaires du Genetic Diversity Center (GDC) de l'EPF où nous exécutons quelques applications supplémentaires telles que le pyroséquençage. En outre, nous profitons de l'infrastructure bioinformatique et du soutien que le GDC offre pour nos jeux de données génomiques de grande taille.

Pour le séquençage de prochaine génération (NGS), nous travaillons en collaboration avec notre centre de séquençage de Berne et l'université de Lausanne ou nous externalisons nos bibliothèques d'ADN préparées vers des centres de séquençage privés.

Les laboratoires sont utilisés par notre personnel de recherche, par les étudiants et par les scientifiques invités.

Ci-après une liste des principales applications et des instruments mis à disposition dans le laboratoire du CEEB:

1. Préparation des bibliothèques pour le séquençage de la prochaine génération (NGS)
   Nous préparons des bibliothèques pour le séquençage de nos projets RADtag ou des génomes entiers pour les plate-formes de séquençage par la technologie Illumina HighSeq
   Fragmentation de l'ADN (Covaris M220)
   Sélection des tailles de fragments ADN (Sage ELF)
   Contrôle qualité ADN (Agilent TapeStation)
2. Extraction automatisée ADN/ARN
   Homogénéisation d'échantillons de tissus (système Qiagen TissueLyser II)
   Purification de l'ADN par billes magnétiques (Qiagen BioSprint 96 Robotic Workstation)
3. Amplification et quantification de l'AND/ARN
   Thermocycleur standard et à gradient
   Machine de PCR en temps réel: ABI
   Roche LightCycler 480
4. Séquençage et analyse de fragments
   Analyse de fragments (microsatellites, RFLP) et séquençage selon la méthode de Sanger
   Analyseur d'ADN ABI 3500xl (24 capillaires)
5. Analyse des données
   Dans notre salle d'analyse des données, nous disposons de 4 ordinateurs (Mac et PC) avec leurs propres packs logiciels d'analyse, y compris CLC Genomics Workbench, GeneMapper, GenMarker, Sequencher, PAUP, MacClade

Pour les analyses de génome et les jeux de données de plus grande taille, nous utilisons l'environnement informatique du Centre de diversité génétique (GDC) de l'EPF