Ici, nous étudions l'architecture génétique d'un trait clé impliqué dans l'isolement comportemental, la coloration nuptiale mâle, en croisant deux paires d'espèces sœurs de cichlidés du lac Victoria du genre Pundamilia et en cartographiant la coloration nuptiale chez les hybrides F2. L'une est une jeune paire d'espèces sympatriques, représentative d'un axe de différenciation des motifs de couleur, rouge-dorsum versus bleu, qui est très récurrent chez les espèces sympatriques étroitement apparentées. L'autre est une paire d'espèces représentative des motifs de couleur, rouge-poitrine contre bleu, qui sont communs chez les espèces allopatriques mais peu communs chez les espèces sympatriques étroitement apparentées. Nous trouvons des loci de traits quantitatifs (QTL) significatifs avec des effets modérés à importants (certains se chevauchant) pour le rouge et le jaune dans le croisement sympatrique rouge-dorsum × bleu, alors que nous ne trouvons aucun QTL significatif dans le croisement non sympatrique rouge-poitrine × bleu. Ces résultats sont cohérents avec la théorie prédisant que les loci à grand effet ou la liaison/pléiotropie sous-jacente à la différenciation des caractères d'accouplement pourraient faciliter la spéciation et la persistance des espèces avec le flux génétique en sympatrie.