Le poste de professeur est lié à un emploi à temps partiel à Utrecht. Parallèlement, il reste employé à l'Eawag en tant que chercheur et chef de département. Les recherches de Bernhard Truffer portent sur les systèmes d'innovation technologique et les processus de transition, en particulier dans la planification des infrastructures. Bernhard a été récompensé à plusieurs reprises par des organismes internationaux pour ses travaux de recherche. Récemment, il a reçu le IAMOT Research Publication Award pour ses nombreuses publications dans le domaine du management technologique.