Département Chimie de l’environnement

MLinvitroTox est un package Python open-source pour une priorisation entièrement automatisée et basée sur le risque de signaux inconnus de spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS/MS) dans des échantillons environnementaux complexes. Il s'agit d'un système basé sur l'apprentissage machine qui comprend 490 classificateurs XGBoost indépendants, entraînés sur des empreintes moléculaires de structures chimiques et de points finaux spécifiques à la cible provenant de la base de données ToxCast/Tox21 invitroDBv4.1. MLinvitroTox prédit une empreinte de bioactivité pour chaque signal HRMS non identifié (avec un m/z donné) sur la base des empreintes moléculaires dérivées des spectres de fragmentation MS2. Les empreintes binaires de bioactivité de 490 bits sont utilisées pour donner la priorité aux caractéristiques HRMS en vue d'une identification plus poussée.

Basé sur le progiciel R du même nom, interface web pour le calcul de modèles isotopiques (structure fine), profilés, centroïdes et intensoïdes. Résout les structures fines isotopiques, même pour les grandes molécules. Autorise l'utilisation de résolutions d'instruments intégrés, d'adduits prédéfinis ou définis par l’utilisateur et le traitement par lots. Site optimisé pour Firefox, Google Chrome et Safari.

Outil R de regroupement d'isotopes et d'adduits avec des composants, ainsi que de détection de séries homologues sur des ensembles de données haute résolution de spectrométrie de masse.

Outil R de traitement par lots, d'étalonnage et de nettoyage des spectres HRMS et génération d'enregistrements MassBank.

Nouveau! Partitionnement, regroupement EIC et détection de crête pour les données de base corrigée et les centroïdes LC-HRMS au format mzXML. Résultat interactif et visualiseur de données brutes, traitement par lots & interface utilisateur basée sur un navigateur.