Abteilung Fischökologie & Evolution

Die Kaltwasser Aquarienanlage besteht aus 122 Aquarien mit einem Volumen von insgesamt 33‘000 Liter Wasser.

Über die Hälfte der Aquarien werden mittels einem Durchflusssystem permanent mit Frischwasser aus dem Vierwaldstättersee versorgt. Die übrigen Aquarien werden über luftbetriebene Mattenfilter, die an der hauseigenen Druckluftanlage angeschlossen sind, betrieben.

Die Aquarien reichen von kleineren 150 Liter Aquarien bis hin zu einem 2250 Liter Aquarium. Zusätzlich stehen etliche kleinere Aquarien zur Verfügung, die bei Bedarf aufgestellt und in Betrieb genommen werden können.

Die Warmwasser Aquarienanlage besteht aus 385 Aquarien mit einem Volumen von insgesamt 41‘000 Liter Wasser, aufgeteilt auf drei Räume.

Der Hauptraum mit 345 Aquarien und einem Volumen von 31‘000 Liter Wasser wird über eine zentrale Filteranlage gefiltert, diese beinhaltet einen Sedimentationstank, Sandfilter, Biofilter sowie eine UV-C Anlage zur optimalen Reinigung des Aquarienwassers.

Die Aquarien in den beiden anderen Räumen werden über luftbetriebene Mattenfilter, die an der hauseigenen Druckluftanlage angeschlossen sind, betrieben.

Die Aquarien reichen von kleinen 20 Liter Aufzuchtaquarien bis hin zu sechs Meter langen Experimentaquarien und einem Rundtank für Verhaltensexperimente.

Die beiden Mesocosmen haben eine Länge von 10 und 15 Meter, eine Breite von drei Metern und sind 105cm respektive 140cm hoch. Zusammen haben sie ein Volumen von 94‘000 Liter Wasser.

Beide sind auf einer Seite einsehbar und sind sowohl längs wie auch quer durch Abtrennungen unterteilbar.

Sie werden mittels einem Durchflusssystem permanent mit Frischwasser aus dem Vierwaldstättersee versorgt.

Unsere hochmoderne Einrichtung bietet eine Infrastruktur für vielseitige Forschungsarbeiten in den Bereichen molekulare Populationsgenetik und Evolutionsökologie.

Wir sind Partner des Genetic Diversity Center (GDC) der ETH, wo wir einige zusätzliche Anwendungen, wie z. B. PyroSequencing, durchführen. Außerdem, nutzen wir die bioinformatische Infrastruktur und Unterstützung, welche das GDC für unsere großen genomische Datensätze bietet.

Für Next Generation Sequencing (NGS) arbeiten wir mit unserem Sequenzierzentrum in Bern und der Universität in Lausanne zusammen oder outsourcen unsere vorbereiteten DNA-Bibliotheken an private Sequenzierzentren.

Die Labors werden von unserem Forschungspersonal, Studierenden und Gastwissenschaftlern genutzt.

Im Folgenden eine Liste der wichtigsten Anwendungen und Instrumente, die im CEEB-Labor zur Verfügung stehen:

1. Vorbereitung von Bibliotheken für das Next Generation Sequencing (NGS)
   Wir bereiten Bibliotheken für die Sequenzierung unsere RADtaq-Projekte oder ganze Genome für die Illumina HighSeq Sequenzierungsplattformen vor.
   • DNA shearing (Covaris M220)
   • DNA Größen Selektion (Sage ELF)
   • DNA Qualitätskontrolle(Agilent TapeStation)
2. Automatisierte DN/ARNA Extraktion
   - Homogenisierung von Gewebeproben (Qiagen TissueLyser II System)
   - DNA Aufreinigung mit magnetischen Beads (Qiagen BioSprint 96 Robotic Workstation)
    
3. DNA/RNA Amplifizierung und Quantifizierung
   - Standard und Gradienten Thermocycler
   - ABI real time PCR Maschine
   - Roche LightCycler 480
    
4. Sequenzierung und Fragmentanalyse
   - Fragmentanalyse (Microsatellites, RFLP) and Sanger sequencing
   - ABI 3500XL DNA Analyzer (24-capillary)
    
5. Datenanalyse

   In unserem Datenanalyseraum haben wir 4 Computer (Mac und PC) mit eigenen Analyse-Softwarepaketen einschließlich CLC Genomics Workbench, GeneMapper, GenMarker, Sequencher, PAUP, MacClade.

Für die Genomanalysen und großen Datensätze verwenden wir die interne Computer-Umgebung des Genetic Diversity Center der ETH.