Die Professur ist verbunden mit einer Teilzeitanstellung in Utrecht. Gleichzeitig bleibt er als Forscher und Abteilungsleiter an der Eawag angestellt. Bernhard Truffers Forschungsinteresse gilt technologischen Innovationssystemen und Transitionsprozessen, besonders in der Infrastrukturplanung. Für seine Forschungsarbeiten wurde Bernhard immer wieder von internationalen Gremien ausgezeichnet. Erst kürzlich wurde ihm der IAMOT Research Publication Award für seine zahlreichen Publikationen im Bereich Technologiemanagement verliehen.