Nach seinem Studium in Teilchen-Physik an der Universität Zürich und dem Nachdiplom in «Siedlungswasserbau und Gewässerschutz» an der Eawag hat Johny Wüest 1987 in der Gruppe von Prof. D. M. Imboden an der ETH/Eawag promoviert. Zurück aus seinem Aufenthalt als Postdoc in den USA, kam er als Gruppenleiter in die Abteilung Umweltphysik und später in die Abteilungen Angewandte Gewässerökologie und Oberflächengewässer, die er je ab 2000 und ab 2006 für sechs Jahre leitete. Seit 2002 ist er Titularprofessor im Fachbereich Aquatische Physik an der ETH Zürich. 2012 wurde Johny Wüest ordentlicher Professor für Physik Aquatischer Systeme (Margaretha-Kamprad Lehrstuhl) und seit 2013 ist er Leiter des Zentrums für Limnologie an der EPF Lausanne.

Von 2002 bis 2006 leitete Johny Wüest die interdisziplinäre Expertengruppe Brienzersee. Aktuell stehen bei ihm zahlreiche energierelevante Themen oben auf der Projektliste, unter anderem Fragen zu den ökologischen Auswirkungen des Pumpspeicherbetriebs bei Wasserkraftwerken oder die Modellierung grosser Wärmenutzungen in Seen. Für das Competence Center Environment and Sustainability des ETH-Bereichs (CCES) war er federführend bei Studien zu einem integralen Wassermanagement im Einzugsgebiet des Sambesi.

Als Direktionsmitglied vertritt Johny Wüest die Eawag Kastanienbaum und den Forschungsbereich interdisziplinäre Umweltphysik. Er unterstützt damit das Bestreben der Eawag, energierelevanter Forschung und der Umwelt-Praxis mehr Gewicht zu verleihen. Durch seine Professur in Lausanne schlägt er auch eine Brücke für die Eawag in die Westschweiz und zu Projekten am Genfersee.

Von 2002 bis 2006 leitete Johny Wüest die interdisziplinäre Expertengruppe Brienzersee. grosser Wärmenutzungen in Seen. Für das Competence Center Environment and Sustainability des ETH-Bereichs (CCES) war er federführend bei Studien zu einem integralen Wassermanagement im Einzugsgebiet des Sambesi.