Seit 2001 forscht Carsten Schubert in der Abteilung Oberflächengewässer, die er seit 2012 leitet. Seit 2004 ist er auch Lehrbeauftragter an der ETH Zürich im Departement Umweltsystemwissenschaften.

Schubert begann seine akademische Karriere am Alfred-Wegener-Institut, wo er nach seinem Geologiestudium an der Justus-Liebig Universität in Giessen zum Kohlenstoffkreislauf in der Arktis doktorierte. Nach einem Abstecher als Postdoc an die University of British Columbia in Vancouver war er als Gruppenleiter am Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie in Bremen tätig, bevor er als Gruppenleiter der Gruppe Biogeochemie zur Eawag kam.

Sein Interesse gilt nach wie vor der organischen Geochemie und der Isotopengeochemie in Seen und marinen Systemen. Sein Fokus liegt momentan vor allem darauf, den globalen Methankreislauf zu verstehen. Eine Frage umtreibt ihn dabei besonders: Aus welchem organischen Material entsteht Methan in Seen, aus terrestrischem oder aquatischem? Mit Forschungsarbeiten auf Schweizer und finnischen Seen möchte er der Antwort näherkommen.