Carsten Schubert studierte Geologie an der Justus-Liebig Universität in Giessen (D). Er kam 2001 an die Eawag und übernahm die Gruppe Biogeochemie. Seit 2012 leitet er zudem die Abteilung Oberflächengewässer. Schubert ist seit 2004 Lehrbeauftragter und seit 2019 Titularprofessor an der ETH Zürich.

Er wird seine neue Funktion am 1. April 2021 antreten und ersetzt Johnny Wüest, der diesem Gremium seit 2015 angehört und es in Folge seiner bevorstehenden Pensionierung verlassen wird. Wie sein Vorgänger wird Carsten Schubert den Eawag-Standort Kastanienbaum in der Direktion vertreten.