Florian Altermatt übernimmt das Forum Biodiversität in einem entscheidenden Moment: 2019 veröffentlicht der Weltbiodiversitätsrat IPBES erstmals eine globale Analyse, ein Meilenstein im Dialog zur Biodiversität. Sein Vorgänger, Markus Fischer von der Universität Bern, präsidierte das Forum seit 2011 und leitete die Erarbeitung des IPBES-Berichtes zu Europa und Zentralasien.

Florian Altermatt untersucht, wie Tier- und Pflanzenarten in Raum und Zeit vorkommen und wie sie interagieren. Besonders interessiert ihn, wie die Invasion gebietsfremder Arten und die Ausbreitung von Individuen die natürlichen Artengemeinschaften beeinflussen. Zudem erforscht er einen neuen Ansatz der Artbestimmung, bei dem das Vorkommen aquatischer Organismen anhand von Umwelt-DNA direkt aus Wasserproben ermittelt werden kann.

Seit 2010 ist er im wissenschaftlichen Beirat des Forums Biodiversität, seit 2013 Mitglied des Kuratoriums. Das Forum versteht sich als wissenschaftliches Kompetenzzentrum für die Biodiversität und Ökosystemleistungen in der Schweiz. Es setzt sich für deren Erforschung ein und pflegt den Dialog zwischen der Wissenschaft und Entscheidungsträgern in Verwaltung, Politik, Wirtschaft und Gesellschaft.