Lenny Winkel untersucht das Umweltverhalten von Selen und anderen Spurenelementen wie Arsen, die sich auf die Gesundheit aus­wirken können. Sie erforscht Quellen, Transportwege und Einwirkungsstellen von natürlich vorkommendem Selen und untersucht die Produktion flüchtiger Formen von Selen durch Meeresphytoplankton. Weiter untersucht sie die Ablagerung von über die Atmosphäre transportiertem Selen im Erdreich, was Aussagen darüber ermöglicht, wie sich das Klima auf die Häufigkeit von Selen im Erdreich auswirkt. Lenny Winkel beteiligt sich ausserdem in substantiellem Mass und mit viel persönlichem Engagement an der Lehre am Departement Umweltsystemwissenschaften der ETH Zürich.