Er erforscht Fragestellungen im Grenzbereich zwischen molekularer Mikrobiologie und Evolutionsökologie. Dabei hat er sich als eine der weltweit führenden Kapazitäten in der experimentellen mikrobiellen Evolution etabliert. So zeigte er beispielsweise auf, wie molekulare Zufallsprozesse in einer genetisch gleichförmigen Gruppe von Bakterien Vielfalt hervorrufen können, was für das Verständnis krankheitserregender Bakterien unmittelbar relevant ist. Als Professor an der ETH Zürich und Abteilungsleiter an der Eawag gelingt es Martin Ackermann, anwendungsorientierte und Grundlagenforschung gewinnbringend zu verbinden.