Florian Altermatt hat an der Universität Basel promoviert und war als Postdoc an der UC Davis in Kalifornien im Department of Environmental Science and Policy. Seit 2011 ist er an der Eawag als Gruppenleiter im Departement Aquatische Ökologie. Seine Forschungsgruppe befasst sich im Bereich Ökologie mit räumlichen Dynamiken. Dabei untersucht sie unter anderem die Ausbreitung und Diversität von Organismen in Flussnetzwerken.