Abteilung Umweltchemie
Analytische software
MLinvitroTox
MLinvitroTox ist ein open-source Python package für eine vollautomatische high-through-put risiko-basierte Priorisierung von unbekannten hochauflösenden massenspektrometrischen (HRMS/MS) Signalen in komplexen Umweltproben. Es handelt sich um ein machine-learning basiertes System, das 490 unabhängige XGBoost-Klassifikatoren umfasst, die auf molekularen fingerprints von chemischen Strukturen und zielspezifischen Endpunkten aus der ToxCast/Tox21 invitroDBv4.1 Datenbank trainiert wurde. MLinvitroTox sagt einen Bioaktivitäts fingerprint für jedes nicht identifizierte HRMS-Signal (mit einem bestimmten m/z) auf der Grundlage der aus MS2-Fragmentierungsspektren abgeleiteten molekularen fingerprints voraus. Die binären 490-Bit-Bioaktivitäts-Fingerabdrücke werden für die Priorisierung der HRMS-Merkmale für eine weitere Identifizierung verwendet.
envihomolog
Website zur Detektion und Visualisierung von Signalmustern homologer Substanzen in LC-MS Daten, basierend auf dem R-Paket nontarget. Zur Detektion müssen gepickte und bestenfalls isotopenbereinigte LC-MS peaks auf die Website hochgeladen werden. Ergebnisse können wiederum im .csv-Format runtergeladen werden. Am besten angezeigt mit den Webbrowsern Firefox, Google Chrome oder Safari.
enviPat Website
Basiert auf dem R-Paket desselben Namens, Web-Schnittstelle zur Berechnung von Isotopenmustern (Feinstruktur), Profilen, Zentroiden und Intensoiden. Auflösung isotopischer Feinstrukturen auch bei grossen Molekülen. Möglichkeit der Nutzung von Auflösungen eingebauter Instrumente, vordefinierter oder benutzerdefinierter Addukte und Batch-Verarbeitung. Am besten angezeigt in Firefox, Google Chrome und Safari.
R package 'nontarget'
R-Tool zur Gruppierung von Isotopen und Addukten mit Komponenten sowie Erkennung homologer Reihen aus hochauflösenden Massenspektrometer-Datensätzen.
R-Paket „RMassBank“
R-Tool für die Batch-Verarbeitung, Rekalibrierung und Bereinigung von HRMS-Spektren und die Erstellung von MassBank-Datensätzen.
RMassBank ist ein Arbeitsablauf, der die Erstellung von qualitativ hochwertigen, präzisen MS/MS-Spektraldatensätzen für die MassBank-Datenbank ermöglicht. Der Arbeitsablauf umfasst die automatische Rekalibrierung und Verarbeitung von Massenspektren in R aus mzML-Dateien und den Abruf von Verbindungsinformationen über Webdienste, um den Aufwand für den Benutzer bei der Datensatzerstellung zu minimieren. Zum gegenwärtigen Zeitpunkt wird RMassBank für Orbitrap XL (Thermo) Daten entwickelt und getestet. Für weitere Informationen kontaktieren Sie bitte Johannes Boog.
Beispieldaten für RMassBank (Rohdateien, ~50 MB)
R-Paket „enviPick“
Partitionierung, EIC-Clustering und Peak-Detektion für Baseline-korrigierte und Schwerpunkt-LC-HRMS-Daten im mzXML-Format. Anzeige interaktiver Ergebnisse und Rohdaten, Batch-Verarbeitung & browserbasierte Benutzerschnittstelle.